Il sistema dei personaggi dei Promessi sposi è forse quello che meglio esemplifica la concezione religiosa di A. Manzoni, in quanto nella vasta panoramica dei protagonisti della vicenda emergono figure storiche ( o legate al verisimile poetico ), che si rifanno alla vita della Chiesa del '600. Possiamo rintracciare in tali personaggi le linee fondamentali della spiritualità manzoniana e del sistema di valori ed ideali in cui Manzoni crede. Numerosi sono i personaggi religiosi inseriti nella vicenda ma soprattutto quattro consentono di indagare le prospettive interpretative dell'autore circa la vita religiosa e la religiosità del '600 ( due in chiave positiva e due in chiave negativa ).
 

Padre Cristoforo è il cappuccino che incarna lo spirito di servizio e di carità del Cristianesimo. E' combattivo contro il potere ingiusto ed arbitrario dei potenti ( Don Rodrigo ) ed è al servizio degli oppressi ( Renzo e Lucia ). Egli stesso è stato a suo tempo lo strumento della violenza del secolo ( Ludovico era il suo nome ed un'uccisione ha causato la sua conversione religiosa, con un atto di pubblica penitenza ). Durante la peste lo vediamo in prima fila, incurante del contagio, per esercitare fino in fondo lo spirito di carità verso i malati ed i bisognosi. Combattivo e deciso verso gli uomini, insegnerà a Renzo la pietà ed il perdono per il colpevole Don Rodrigo nel momento della sua morte. Egli stesso finirà vittima della sua generosità e del suo spirito di sacrificio ucciso dal contagio della peste.
E' forse la figura più positiva di religioso di tutta l'opera insieme a quella del Cardinale Federigo Borromeo.
 

Il Cardinale Federico Borromeo, vescovo di Milano al tempo della vicenda narrata nel romanzo è in primo luogo personaggio storico, che testimonia per Manzoni l'enorme ruolo che la Chiesa ambrosiana ha avuto nel XVII secolo durante la negativa dominazione spagnola. Un ruolo di sostegno alla popolazione durante le calamità ( carestia, guerra, peste ), di promozione culturale ( biblioteca ambrosiana ) ,di apostolato religioso e più generalmente di coesione sociale attorno ai valori cristiani.
Nella vicenda dei Promessi sposi egli ha un ruolo centrale in quanto dall'incontro con l'Innominato scaturirà la conversione di quest'ultimo, che lo porterà a liberare Lucia.
La maggiore autorità locale, l'Innominato appunto,  un tempo famoso solo per le sue malefatte ed il suo potere oppressivo e crudele sulla popolazione, si trasformerà addirittura in benefattore dopo la conversione guidata dal colloquio con Federigo. Manzoni dunque fa della figura del vescovo di Milano qualcosa di più di un personaggio positivo: ce lo mostra come l'autorità storica discriminante per la sorte dell'intero milanese.
 

Il Manzoni spiega il motivo fondamentale che aveva spinto Don Abbondio a diventare prete: l' assoluta mancanza nel '600 di leggi che proteggessero  i deboli dai prepotenti e dai malvagi. Così Don Abbondio, che non era certo nato con un cuore da leone, si era presto accorto di essere nella società in cui viveva
" come un vaso di terracotta, costretto a viaggiare in compagnia di vasi di ferro ". Il curato aveva pertanto deciso di diventare sacerdote, cosa che gli avrebbe permesso di trascorrere una vita quieta e comoda, lontano dai disagi e dai problemi.
Tutte le decisioni di Don Abbondio sono legate a questi tratti del suo carattere ( viltà, paura di esporsi, connivenza sostanziale con i potenti ) e quindi la sua militanza cristiana è debole ed equivoca. 
Mai si schiera apertamente per Renzo e Lucia, stenta a comprendere il senso profondo della conversione dell'Innominato e del discorso di rimprovero che gli rivolge il Cardinale Federigo Borromeo. La sua natura di uomo timoroso lo induce ad evitare ogni rischio legato ai doveri della sua condizione religiosa.
 

La Monaca di Monza, la giovane Gertrude costretta dal principe suo padre alla monacazione forzosa è l'altro esempio di personaggio religioso negativo inserito nei Promessi sposi. Il suo dramma psicologico è ampiamente descritto e compreso da Manzoni, che non esita a denunciare le connivenze colpevoli della Madre badessa e del Padre vicario nell'accettare una professione di fede improvvisa e poco credibile, in cambio della protezione politica ed economica del Signore di Monza al convento. Nello stesso tempo però viene denunciata la scarsa forza d'animo di Gertrude, che non ha mai saputo trovare nel cristianesimo quei valori superiori che l'aiutassero ad accettare la condizione religiosa come un servizio autenticamente rivolto a Dio.
La vita della monaca di Monza è così irta di contraddizioni non risolte ( nostalgia per la giovinezza, l'amore e la libertà perduta, esercizio ostinato della sua autorità nel monastero, abbandono alla passione proibita nella relazione con Egidio, uccisone della conversa, sostegno al rapimento di Lucia ....) da farne un personaggio fortemente negativo, che testimonia il grado di corruzione e di degrado di alcune istituzioni religiose del '600.